唐朝時候的阮咸和曲項琵琶。
阮琴的前身是东汉时期於各種樂譜、遊記、禮儀書籍中做记载的“琵琶”[2]，其中明確描述那時候的琵琶是“圆形直项”的，据汉代至魏晋时期的文史资料所载，阮是中国自创的一种圆体、直项、四弦、12柱（品）的乐器。起源大约在公元前217至公元前105年，汉时称秦琵琶或秦汉子。
關於阮琴的起源有多种传说[3]，一是從遊牧民族的胡人傳入中原，方便在馬背上演奏音樂；二是烏孫公主嫁去今日吉爾吉斯斯坦的國家時由她的陪嫁樂師所發明，這些樂師利用西域的材料做出能演奏漢人音樂的樂器，其中一種就是阮琴。
唐朝时因为再次從中亞遊牧民族那裡传入了新的“梨形琵琶”，為了方便區分，把这种圆形直项的琵琶改稱固定成“阮咸”，阮琴自此走向獨立發展方向，和梨形琵琶分道揚鑣[4]。 在唐代的《清商乐》和《西凉乐》中，阮咸也是主要的乐器之一。
宋朝之后，阮咸逐漸的可以被称为月琴，並派生出新的月琴類樂器[5]。阮咸和月琴为同器异名直到近代[6]。
1950年代以来，中華人民共和國为发展屬於中國自己的管弦乐团，派各類國樂專家去改良阮琴，把其變为4根弦24品的構造，并加大共鸣箱，使用鋼弦。改良阮琴仿照交响乐的提琴家族分为小阮、中阮、大阮和低音阮。后来又加入高音阮。从此阮琴和月琴成为两种不同的乐器。目前中阮和大阮为民乐团的标准编制，香港中樂團並以高音阮取代柳琴。由于阮的古曲谱均失传，同时因为现代阮和传统阮性能差别很大，所以现代阮琴没有传统乐曲，但是现代中國大陸的作曲家为演奏阮琴為其创作了巨量乐曲，1987年劉星在其創作的《雲南回憶》中演奏了阮琴的協奏曲後，阮琴正式被奠定了獨奏樂器的地位。